La versió oficial del franquisme que fins avui sustentava la història era que el bisbe nascut a Navarra, havia estat afusellat la nit del 3 al 4 de desembre del 1936 a la tàpia del cementiri de Montcada i Reixac. Havia dirigit el bisbat de Barcelona entre el 1930 i el 1936. Antic canonge de València, aprèn català i s'expressa en aquesta llengua, però de seguida manifesta un notable rebuig al catalanisme, que havia tingut en l'Església un dels elements d'oposició a la dictadura. Profundament conservador i desconeixedor de la realitat de Barcelona, s'envolta de carlins i rep amb hostilitat el nou règim republicà i, a diferència del cardenal Francesc d'Assís Vidal i Barraquer, manté una actitud bel·ligerant contra les noves autoritats. En aquest sentit, el conciliador i catalanista cardenal català l'ha d'obligar a enviar capellans per cantar les absoltes al difunt president de la Generalitat de Catalunya, Francesc Macià.
Al juliol de 1936, elements anarquistes incontrolats van assaltar la seu episcopal i Irurita va haver de fugir. També segons les fonts, va ser localitzat tres mesos després, ocult a casa d’un orfebre anomenat Antoni Tort, va ser traslladat a una “checa” del carrer Sant Elies, i el 4 de desembre de 1936 va ser afusellat a la tàpia del cementiri de Montcada i Reixac. Però en canvi, diversos testimonis assegurarien que dos anys més tard, el 28 de gener de 1939, va ser vist a la plaça de Catalunya, a Barcelona.
Testimonis el situen en una missa a la plaça Catalunya de Barcelona després de l'entrada de les tropes franquistes
Segons aquests testimonis, estava camuflat entre els assistents a la primera missa de campanya posterior a l’ocupació franquista de la ciutat, i quan va ser reconegut va dir “Por favor, no griten que me comprometen”. Els historiadors Miquel Mir i Ponç Feliu, en un treball d’investigació publicat l’any 2012, aporten diverses proves, com la del dietari de l’anarquista Josep Serra que diu “el capellà que havien deixat en llibertat els nostres caps, a canvi de joies, era el bisbe de Barcelona”.
També aporten testimonis que asseguren que va formar part d’un intercanvi de presoners amb el bàndol franquista. Una de les persones que van dir, posteriorment, que l’havien reconegut en aquella missa de la plaça Catalunya era el doctor Josep Raventós que havia atès al bisbe diverses vegades abans de l’esclat de la guerra. Va assegurar que havia arribat a parlar amb ell aquell dia. Ho va deixar escrit en una carta que els fills van trobar quan el seu pare ja havia mort.
Segons Ràfols, però, el 28 de gener de 1939 el bisbe Irurita és vist quan sortia per la porta del Palau Episcopal de Barcelona. També ha arribat a la conclusió que no va formar part d’un intent d’intercanvi de presoners, sinó de cinc intents, tres dels quals van ser impedits pel mateix general Franco. Aquesta informació no es basa en testimonis, sinó en documents trobats a diferents arxius.
A la vista de l’halo de misteri que envolta la seva desaparició no es podria descartar una mort més endavant i per un altre motiu
'La increïble història del bisbe Irurita' inclou un nou element. Per dates, podria estar a la missa de la plaça Catalunya (gener 1939) i ser afusellat entre la Seu i Andorra (febrer 1939) però no té massa sentit que volgués fugir quan la guerra estava a punt d'acabar amb victòria del seu bàndol feixista. A la vista de l’halo de misteri que envolta la seva desaparició no es podria descartar una mort més endavant i per un altre motiu.
Amb les conclusions i investigacions de Ràfols, queda saber a qui pertany el teòric cos del bisbe màrtir que es va enterrar amb honors de general i sepultat a la capella del Sant Crist de Lepant per ordres de Franco. La propia cosina d’Irurita va posar objeccions sobre la dentadura del cadáver. En l'exhaustiu treball de Ràfols, el prelat no va ser afusellat a la tàpia del cementiri de Montcada la nit del 3 al 4 de desembre de 1936, sinó entre La Seu i Andorra durant la retirada, el 1939, com prova el missatge de l’espia del marquès de Rebalso. No hi ha cap document que indiqui que va morir més endavant per un altre motiu.
La raó per la qual el bisbe no es va presentar a les autoritats després de la guerra es troba en el dietari de l’anarquista Josep Serra: va aconseguir salvar la vida a canvi de joies, mentre els que l’havien acollit a casa seva durant quatre mesos van pagar aquesta mostra de solidaritat i generositat sent afusellats, aquests sí, a la tàpia del cementiri de Montcada. -El cos enterrat a la capella de Lepant de la catedral de Barcelona és el del nebot d’Irurita Marcos Goñi. Entre una cosa i altra, el seu procés de beatificació continua encallat.