Aa mesura que els efectes del canvi climàtic es van fent més severs, les aigües subterrànies en pateixen les conseqüències. Des d'Andorra Recerca i Innovació es recorda que en aquest context la investigació ha de seguir avançant per aportar el coneixement dels impactes del creixement humà i del canvi climàtic sobre l’aigua i també per desenvolupar totes les possibilitats d’adaptació.
Andorra té aigües repartides per la conca del Gran Valira, i conca del Pas de la Casa (ambdues dins el territori andorrà i català -sector Os de Civís-), així com per la conca del Segre (riu de la Llosa) i de l'Arieja. L'aqüífer subterrani més important és el d'Andorra la Vella, Té una superfície de 2,26 km quadrats i s’emplaça entre la parròquia d’Escaldes-Engordany, al nord, i la zona de la Margineda, al sud. Hi ha moltes incògnites sobre la geometria de l’aqüífer i les característiques hidrogeològiques els nivells més i menys permeables, sobretot en fondària.
El 93% de l’aigua subterrània drena cap al riu Gran Valira i el cabal que entra representa aproximadament un 5% del total. L’activitat amb més risc de contaminar és la relacionada amb hidrocarburs, i en aquest sentit les gasolineres i tota la zona urbana de la conurbació Andorra la Vella-Escaldes Engordany. Les activitats industrials també tenen una puntuació de risc alta, en menor grau, i finalment, amb baixa puntuació de risc se situarien les activitats agrícoles i ramaderes.